在《海关总署与澳门海关合作互助安排》、“陆路口岸查验结果参考互认机制”、“为经澳门特别行政区输往内地的葡萄酒提供通关征税便利措施合作安排”和《海峡两岸经济合作框架协议(ECFA)》等措施配合下，澳门海关除了令通关业务现代化，以及与世界各地关务接轨外，亦促进区域通关协作和贸易便利化。海关口岸监察厅长黄文忠指出，未来会继续与内地及香港海关研究优化通关业务、便捷及创新等措施，互享讯息，配合社会发展。
卡车航班快捷通关
澳门海关与国家海关总署在二○○四年三月签署《海关总署与澳门海关合作互助安排》。往后，粤澳海关积极开展业务交流和合作。同年十月，粤澳海关举行首次高层会晤，为业务合作确定了工作方向和具体内容，当中包括缉私合作、简化海关手续、便利粤澳贸易、调查合作、知识产权保护合作与互助、培训和交流。在合作机制下，更朝着配合业界发展、通关业务现代化，以及与世界各地关务接轨方向迈进。在签署上述安排后，向业界提供的便利措施包括“卡车航班”，它的优点是提供“一次申报、一次查验、一次放行”直通式通关服务，给予业界简化手续和快捷通关的便利。二○○五年九月，澳门国际机场与广州白云机场开始运作“卡车航班”。
二○○六年，澳门海关应业界要求，进一步推动粤澳经贸往来，并与广东分署研究澳门货物经海路运往深研，获广东分署积极回应。同年十月在深圳举行的工作会议上，落实澳门货物经深圳海运口岸转关运作模式及监管办法，两地海关取得共识。加上澳门业界积极筹备，在二○○七年十月首航，由澳门内港将货物运往深圳，正式开通“深澳航线”。澳门与内地海关更为此海路运作模式试行“绿关锁”制度，根据协议，澳门海关?已经检查的货物封上“绿关锁”，当货物抵达内地港口，内地海关会参照澳门海关的检查结果，减少重复查验，令澳门货物更快速运往目的地。
借助粤拓出口渠道
澳门产品或出口货物长期依赖香港输往世界各地，为提供更多途径让澳门出口货物通往世界各地，设立了“粤澳过境货物”措施，即借助广东省便捷的交通网，提升本地经营商的竞争力。二○○五月五月，首批货物经横琴口岸前往深圳盐田港，并成功付运美国。
澳门海关与内地亦设立“陆路口岸查验结果参考互认机制”，即进出广东省与澳门的货物，只须在报关地经海关查验及锁上“绿关锁”后，进入另一方海关时不会重复查验。二○○九年十二月，上述机制在路凼新城、珠澳跨境工业区和关闸海关站启动，促进澳门与广东省陆路通关便利和监管，减省业界开支和时间，有助促进区域通关协作和贸易便利化。
方便葡萄酒进内地
澳门海关与海关总署在行政长官崔世安见证下，二○一一年五月签署“为经澳门特别行政区输往内地的葡萄酒提供通关征税便利措施合作安排”。往后，葡萄酒出口商在经济局申请登记后，便可与已在拱北海关登记的内地入口商合作，将葡萄酒输往内地，享受通关征税便利安排，清关时间可缩短至三至七日。若出口商在进口前十日向内地海关申请葡萄酒预先评税，报关程序更可在一日内完成，有助澳门葡萄酒出口商更便捷进入内地市场，帮助业界发展。
为配合内地二○一一年一月推动《海峡两岸经济合作框架协议(ECFA)》项下货物经澳门中转享受相关优惠关税待遇，经与海关总署研究并取得共识，澳门海关对透过澳门转运到内地的ECFA项下货物发出海关确认书，以证明符合申请ECFA项下货物在澳门海关监管下符合ECFA中转条件，以便业界向内地海关申请ECFA优惠关税。二○一一年一月中旬，首宗ECFA项下货物抵达澳门国际机场，经路凼莲花口岸进入内地。
为进一步优化港澳的关务程序，二○一二年三月开始，由澳门对输往香港的应课税品，业界毋须向香港海关递交“卸货证明书”，此措施实施后，可助业界减省人力资源，优化清关程序。（本报记者 关咏贤 报道）